Metropolitní plán se připravuje nestandardně dlouho. V roce 2012, kdy se schvalovalo jeho pořízení, byl v usnesení zastupitelstva č. 2M/2 ze dne 7. 6. 2012 uveden harmonogram, podle kterého měl plán nabýt účinnosti v prosinci 2015. V týdeníků Euro řekl 31. 10. 2012 tehdejší první náměstek pražského primátora Tomáš Hudeček: “Práce na Metropolitním územním plánu nabraly mírné zpoždění, v roce 2015 by i tak měl být hotov.” V roce 2015 byl  nicméně zveřejněn teprve nehotový návrh, který vyvolal vlnu kritiky. Návrh byl opakovaně přepracován a finální verze byla zveřejněna až v dubnu 2018. Podle posledního harmonogramu má být plán zastupiteli schválen těsně před vypršením zákonné lhůty, tj. ke konci roku 2022. Tento harmonogram ale nepočítá s komplikovaným vypořádáváním připomínek, stanovisek a námitek řešením rozporů s dotčenými orgány a opětovným přepracováváním návrhu.

Současný harmonogram přípravy (vytvořený před společným jednáním a před tím, než k návrhu Metropolitního plánu přišly desetitisíce připomínek, zásadních připomínek a stanovisek dotčených orgánů. Jejich vypořádání a úprava návrhu nepochybně zabere podstatně více času, než vyplývá z harmonogramu).

Nyní už není možné čas přípravy Metropolitního plánu překročit, neboť by nebyl dodržen termín daný stavebním zákonem (plán musí být schválen do 31. 12. 2022). Pokud by se to stalo, Praha by se ocitla bez územního plánu se všemi důsledky, které z toho vyplývají. Zejm. hrozí výrazné omezení výstavby a riziko spojené s naprostým nedostatkem pravidel pro rozhodování v území. Stávající harmonogram, který počítá se schválením upraveného návrhu Metropolitního plánu ke konci roku 2022 (a tím předpokládá i splnění zákonného termínu), byl sestaven před tím, než se ukázalo, kolik zásadních připomínek mají městské části, jaká jsou stanoviska dotčených orgánů a kolik tisíc připomínek přišlo ze strany veřejnosti. Je zřejmé, že pokud se bude muset návrh Metropolitního plánu výrazněji upravovat, tento harmonogram není možné dodržet.